بر اساس دستوری که یک نسخه از آن در اختیار خبرگزاری فرانسه قرار گرفته است دولت فرانسه این مرکز را به تلاش در جهت «اشاعه بنیادگرایی شیعه در سطح اروپا» متهم کرده است. در متن این دستور که در تاریخ ۱۵ اکتبر/۲۳ مهر صادر شده و امضای میشل لالاند، فرماندار استان «نور» (شمال) فرانسه را دارد، مدت تعطیلی موقت «مرکز زهرا» شش ماه ذکر شده است. فرماندار «نور» نوشته است: «این مرکز پیام‌هایی منتشر می‌کند که در آن آشکارا به جهاد مسلحانه مشروعیت داده شده است.»

این نامه دولتی همچنین تصریح می‌کند که مرکز زهرا «همواره مشغول تبلیغات در جهت نفرت‌پراکنی و دعوت به تبعیض و خشونت» بوده است. نفرت‌پراکنی، تشویق به خشونت و تبعیض در فرانسه جرم محسوب می‌شود. در روز دوم اکتبر/۱۰ مهر نیز عملیات ضد تروریستی گسترده‌ای در دفتر این مرکز انجام شده و سه نفر به طور موقت بازداشت شده بودند. هدف از بازرسی اداری این مکان، «کشف سلاح‌های گرم که احتمالا این مرکز به طور غیر قانونی در اختیار دارد» ذکر شده بود. فردای همان روز خزانه‌دار انجمن زهرا نیز به اتهام در اختیار داشتن بدون مجوز دو اسلحه گرم، موقتا بازداشت شد. این فرد قرار است روز ۲۴ اکتبر/دوم آبان دادگاهی شود. اموال مسئولان این انجمن نیز به دلیل «کشف نشانه‌های حمایت از چند تشکیلات تروریستی» از سوی دولت فرانسه ضبط شده است.

مرکز مورد حمایت ایران
فرانسه می‌گوید انجمن زهرا که یک مرکز شیعه در فرانسه است، از سوی دولت ایران حمایت می‌شود. روز سه‌شنبه ۱۰ مهر خبر عملیات بازرسی در مرکز زهرا همزمان با توقیف دارایی وزارت اطلاعات ایران در فرانسه در پیوند با نقشه بمبگذاری در نشست مجاهدین خلق منتشر شد. در آن روز خبرگزاری فرانسه از دستگیری یازده تن در جریان عملیاتی بر ضد مقر یک مرکز شیعه در شمال این کشور خبر داده بود. در آن عملیات که با هدف «پیشگیری از عملیات تروریستی» انجام شد، مقر مرکز زهرا مورد بازرسی و توقیف قرار گرفته و یازده تن دستگیر شدند. توقیف دارایی‌های این مرکز و نیز نهاد وابسته به وزارت اطلاعات ایران به مدت شش ماه، در روزنامه رسمی فرانسه ثبت شده است.

فرانسه مرکز زهرا را به هدایت و پشتیبانی چندین «انجمن شیعه و ضد صهیونیستی» متهم می‌کند. به اعتقاد مسئولان فرانسوی، این انجمن‌ها مظنون به فعالیت در جهت مشروعیت بخشیدن به «جهاد» و پشتیبانی از جنبش های «تروریستی» از جمله حماس و حزب‌الله لبنان هستند. مسئولان ایرانی هنوز در این زمینه نظری اظهار نکرده‌اند. مرکز زهرا زیر عنوان «انجمن» در فرانسه به ثبت رسیده است. انجمن‌ها در فرانسه تشکیلاتی مردم‌نهاد و غیر انتفاعی هستند که معمولا از پرداخت مالیات معافند و تحت شرایطی حتی از کمک‌های مالی دولت نیز برخوردار می‌شوند. تشکیل انجمن در فرانسه کار بسیار ساده‌ای است و طیف گسترده‌ای از فعالیت‌های روزمره در این کشور به دست انجمن‌ها انجام می‌شود.