از سوي ديگر، حجت الاسلام عبدالله نوری در واکنش به نامه سرگشاده آیت‌الله محمد یزدی خطاب به آیت‌الله العظمی شبیری زنجانی نوشت: نه ‏من و نه شما حق نداریم دین، مقدسات و مرجعیت را برای نزدیک شدن به ‏قدرت و ‏حفظ پاره‌ای امتیازات هزینه کنیم. وضعیت شما قابل درک است ولی ‏راه حل آن منحصر به این حرمت شکنی‌ها نیست.‏ به گزارش ایسنا، به دنبال انتشار تصاویری از حضور آیت‌الله شبیری زنجانی در منزل عبدالله نوری و حضور رئیس دولت اصلاحات در این مراسم، محمد یزدی، رئیس شورای عالی جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، نامه‌ای سرگشاده خطاب به این مرجع تقلید منتشر کرد که عبدالله نوری به این نامه سرگشاده، پاسخ داده است. متن نامه وی خطاب به آیت‌الله یزدی به شرح زیر است:

آیت‌الله آقای شیخ محمد یزدی
رئیس محترم شورای عالی جامعه مدرسین حوزه علمیه قم‏
سلام علیکم‏
اخیراً نامه سرگشاده‌ای با امضاء شما خطاب به مرجع عالیقدر، فقیه وارسته‌‎ ‎و آزاده حضرت آیت الله العظمی شبیری زنجانی (مدظله العالی) منتشر ‏گردید.‏
فارغ از جایگاه بلندی که این شخصیت بزرگوار نزد حوزویان و جامعه قدرشناس ایران دارد، از افتخارات دوران تحصیل اینجانب شاگردی در محضر ‏مبارک معظم له بوده است. ایشان بنا به موقعیتی که در تهران به سر می بردند با بزرگ منشی، دعوت صمیمانه شاگردشان را اجابت کردند و در ‏محضرشان، جمعی از علاقمندان و شاگردان‌شان، از جمله جناب حجت الاسلام والمسلمین آقای خاتمی شرف حضور داشتند.‏
مایه شگفتی است که چگونه یک دیدار ساده شاگردان و استاد که از سنت‌های دیرین و نیک حوزه‌های علمیه است، موجب کدورت‌تان گردیده و یا به ‏تعبیر شما باعث ناراحتی مقلدان و حوزویان شده و یا گردی بر چهره نظام و اسلام نشانده است؟ اینگونه موضع‌گیری‌های ناصواب در حق شخصیتی ‏همچون حضرت آیت الله شبیری و میهمانان گرانقدر آن دیدار، با کدامیک از موازین شرعی و عقلی و قواعد ‏عرفی و انصاف، سازگاری دارد؟‏
جناب آقای یزدی
شما که روزگاری عنوان قاضی القضات این نظام را داشته‌اید و علی القاعده باید مظهر عدالت، انصاف و حق طلبی بوده باشید و ایام طولانی، پاسدار شرع ‏و رهبری نظام اسلامی در شورای نگهبان و مجلس خبرگان و دورانی در مجلس شورای اسلامی بوده‌اید و اینک نیز دوران بلندمدتی است که بر کرسی ‏ریاست شورای عالی جامعه مدرسین تکیه زده‌اید و کم و بیش با مسایل گوناگون حکومتی از تقنینی تا قضایی و اجرایی و حتی حوزوی آشنایی دارید، ‏از تمامی مصائب و مشکلاتی که ملت ایران با آن دست به گریبانند فارغ شده‌اید و مهمترین موضوعی که لازم دیده‌اید ذهن خود و دیگران را با نامه ‏سرگشاده به آن مشغول کنید، ‏ملاقات شاگردان و استاد بوده است؟
این کمترین، بسی شرمنده آن مرجع والامقام و در عین حال متواضع و بی ادعا هستم که به اعتبار لطف و بزرگواری‌شان در اجابت دعوت حقیر و ‏دیدار با ارادتمندان‌شان باید اینگونه مورد بی‌حرمتی و کج سلیقگی قرار گیرند. من هرگز فکر نمی‌کردم که برخی از ما تحمل یک دیدار دوستانه را ‏هم از دست داده‌ایم و آنقدر برای ما اینگونه قضاوت و دخالت در امور دیگران اصل شده است که به جای پرداختن به اصلی‌ترین معضلات کشور، برای ‏اینگونه مسایل شخصی و عادی، نامه سرگشاده می‌نویسیم.‏
‏جناب آقای یزدی
شما به خوبی می‌دانید که از دیرزمان شخصیت علمی و مقام معنوی ‏مراجع تقلید تراز اول و مستقلی همچون حضرت آیت الله العظمی شبیری زنجانی ‏فارغ از ‏وابستگی‌های سیاسی، جناحی و حکومتی، سرمایه اجتماعی گرانبهایی است ‏که در عمق دل و جان جامعه مذهبی نفوذ دارد. حال چگونه و از ‏چه جایگاهی، مرجعی آزاد و مستقل که از بالاترین شأن و محبوبیت در نهاد روحانیت برخوردار است را مورد خطاب قرار داده و می نویسید: “یادآور ‏می‌شوم مقام و احترام شما در سایه احترام به ‏نظام اسلامی حاکم، رهبری و شأن مرجعیت است”؟
فراموش نکنید همراهی و همدلی مرجعیت مستقل شیعه بخشی از اعتبار و شأن حاکمیت است نه عکس آن.‌‎ ‎
جناب آقای یزدی
شما با چه حقی به ‏معظم له با ادبیاتی زننده و توهین آمیز می نویسید: “‏لازم است این احترام و شئون مرجعیت را رعایت فرموده و ترتیبی اتخاذ ‏فرمائید ‏این گونه مسائل دیگر تکرار نگردد”؟ راستی شما هیچگاه به ذهنتان ‏آمده است که از چه شأن و جایگاهی درون و برون حوزه‌های علمیه ‏برخوردارید که حتی با بزرگان حوزه ایمان و عقیده مردم  اینگونه سخن می‌گویید؟
جناب آقای یزدی
خودم و شما را به تقوی و پرهیز از هوای نفس توصیه می‌کنم. نه ‏من و نه شما حق نداریم دین، مقدسات و مرجعیت را برای نزدیک شدن به ‏قدرت و ‏حفظ پاره‌ای امتیازات هزینه کنیم. وضعیت شما قابل درک است ولی ‏راه حل آن منحصر به این حرمت شکنی‌ها نیست.‏
جناب آقای یزدی ‏
مطمئن باشید من هرگز از اینکه فردی از افراد ملت به یک روحانی به دیده تردید نگاه کند خرسند نخواهم شد چه رسد که آن فردِ روحانی، آیت الله ‏یزدی باشد که در سال های ۴۲-۴۳ شمسی در اصفهان، پای منبر او می‌نشستم و از سخنان او بهره  می‌بردم. آیا بهتر نیست برای یک بار عملکرد خود ‏را مورد ارزیابی قرار دهیم؟ ما که مدعی بودیم چنانچه حکومت در اختیار ما قرار گیرد و رسانه داشته باشیم چنین و چنان می کنیم، در طول چهل ‏سال چه کردیم؟ آیا مردم را با عملکرد خود به روحانیت، نظام، انقلاب و اسلام خوشبین‌تر کردیم؟ […]
جناب آقای یزدی‏
ای کاش مسائل و چالش‌های مورد توجه شما حل مشکلات و معضلات اساسی، گسترده و پیچیده فرهنگی، اعتقادی، معیشتی، اجتماعی و اقتصادی ‏مردم بود و ای کاش دغدغه شما، ارزیابی و آسیب شناسی تاریخ چهل ساله جمهوری اسلامی و بررسی نقاط ضعف و کاستی‌های نظام بود و برای ‏برطرف کردن عقب ماندگی‌ها در حوزه‌های مختلف، خدمت صاحب نظران، حوزویان، مراجع و دیگر کارشناسان جهت حل مشکلات لاینحل کشور، ‏نامه سرگشاده می نوشتید.‏
جناب آقای یزدی ‏
انتظار از مرکز فقاهت و حوزه علمیه علی الخصوص جامعه مدرسین آن است که به راه‌های تقویت دینداری در جامعه و نیز ارتباط مردم و نهاد دین ‏بیندیشد، در اندیشه حل مشکلات مردم باشد و برای عزت و عظمت اسلام و تقویت حریم آن در برابر افکار غیردینی گامی به جلو بردارد.‏ حضرت آیت الله تصور نکنید اگر درقبال یک ملاقات بی‌حاشیه که مقبول نظر شما قرار نگرفته است، فریاد برآورید و نامه سرگشاده بنویسید به تکلیف ‏شرعی‌تان عمل کرده‌اید. شما و ما در پیشگاه خداوند متعال و مردم باید پاسخگوی بسیاری از مشکلات که حداقل قدرت کاهش آن را داشته‌ایم ولی از ‏کنار آن گذشته‌ایم، باشیم.‏»