زیباکلام در پاسخ به سوالی درباره همزمانی استعفای محمد جواد ظریف با سفر بشار اسد به ایران گفت: «از دیشب تا کنون اخبار و شایعات زیادی در فضای مجازی پخش شده است و یکی از متداول‌ترین آن این بوده است که آقای ظریف به‌عنوان اعتراض نه به آمدن بشار اسد بلکه به این موضوع که چرا ایشان در این جلسه حضور نداشته است و اینکه وزارت خارجه و قوه مجری در این میان چه کاره بوده استعفا داده است. در واقع بعضی‌ها می‌گویند که آقای ظریف به این دلیل استعفا داده است که در ملاقاتی که آقای بشار اسد خدمت مقام معظم رهبری داشتند آقای قاسم سلیمانی، آقای گلپایگانی و دیگران حضور داشتند و چرا وزیر خارجه نمی‌بایستی حضور پیدا کنند.» صادق زیباکلام در ادامه با رد این موضوع به عنوان دلیل استعفای وزیر امور خارجه ایران افزود: «من با شناختی که از آقای ظریف دارم می گویم که قطعا به ایشان برخورده است اما من فکر نمی‌کنم که آقای ظریف این اجازه را به خود بدهد و یا چنین جسارت و شهامتی را داشته باشد که به این دلیل استعفا دهد زیرا به هر حال کسی که مورد خطاب و اعتراض این استعفا قرار گرفته شخص آقای خامنه‌ای است و آقای ظریف اهل چنین کارهایی نیست.»

این استاد علوم سیاسی دانشگاه تهران در ادامه گفت که احتمالا چندین علت، دلیل این استعفا بوده است و از آن جمله به توهین‌هایی اشاره کرد که در سال‌های متمادی به شخص محمدجواد ظریف شده است وی افزود: «چندین‌بار به آقای ظریف خائن گفته شد. در مجلس و خارج از مجلس به آقای ظریف خائن گفته شد. چه در مذاکرات هسته‌ای، چه در انعقاد برجام و چه در اف.ای.تی.اف به ایشان خائن گفته شد. ممکن است که کاسه صبر آقای ظریف لبریز شده باشد و نبود ایشان در جلسه آقای بشار اسد با مقام معظم رهبری با دلایل دیگر دست به دست داده و باعث شده باشد که استعفا دهند.» صادق زیباکلام در پاسخ به این سوال که آیا این استعفا می تواند اعتراضی به دخالت ارگان‌های موازی خارج از دولت در کار وزارت امور خارجه باشد گفت: «آقای ظریف آبش با سپاه و سردار قاسم سلیمانی توی یک جوی نمی‌رفت. ایشان کشته مرده تعظیم و تکریم در برابر بشار اسد نبود.»

زیباکلام با «اهل مدارا و تعامل خواند» وزیر امور خارجه ایران گفت: «ظریفی که ما می‌شناسیم آدم میانه‌رویی است که در این پنج سال سعی می‌کرد بیشتر خود را با اتحادیه اروپا و خانم موگرینی و این جریان خود را سازگار کند تا اینکه با آقای حسن نصر الله و بشار اسد و این بخش از سیاست خارجی ایران.»
این استاد علوم سیاسی دانشگاه تهران همچنین ارتباط این استعفا با تاخیر در تصویب اف.ای.تی.اف در مجمع تشخیص مصلحت نظام را محتمل دانست و افزود: «آقای ظریف و سایر اعضای قوه مجریه و بخش عمده‌ای از قوه مقننه و حتی بخش عمده‌ای از حاکمیت ایران به غیر از دلواپسان و تندورها موافق نپیوستن ایران به اف.ای.تی.اف نیستند و همه از جمله آقای ظریف تمام تلاش خود را برای پیوستن ایران به اف.ای.تی.اف انجام می‌دهند.»

تندروها سعی‌ می‌کنند موضوع را مصادره به مطلوب کنند
صادق زیباکلام با رد این موضوع که ممکن است استعفای آقای ظریف به دلیل فشار تندروهای داخلی برای خروج از برجام بوده باشد به یورونیوز گفت: «این تندروها هستند که در فضای مجازی می‌گویند استعفای آقای ظریف به دلیل ناکامی‌هاو سوء مدیریتی است که در دولت روحانی وجود دارد.» آقای زیباکلام می‌گوید که تندروها با اشاره به استعفای وزیر بهداشت و وزیر راه از دولت این کناره‌گیری ها را در نتیجه «به‌هم ریختگی دولت حسن روحانی» می‌دانند. این کارشناس علوم سیاسی در ادامه احتمال استعفای دومینه‌وار وزرای دیگر کابینه را رد کرد و افزود که حتی پذیرش استعفای محمد جواد ظریف را از سوی حسن روحانی را بعید می داند.

وی در پاسخ به این سوال که آیا استعفای جواد ظریف باعث کاهش دخالت نهادهای فرادولتی در سیاست خارجی یا کم شدن فشار تندروها در امور قوه مجریه خواهد شد، گفت که حتی در صورت پذیرفته شدن استعفای آقای ظریف، سپاه پاسداران از مواضع خود عقب نخواهد نشست. آقای زیباکلام افزود: «آنها به سیاست‌هایی که فکر می‌کنند که انقلابی و در جهت تامین منافع ملی است به صورت قاطع ادامه خواهند داد.» صادق زیباکلام درباره اینکه بسیاری از مخالفان حکومت ایران و اپوزیسیون خارج از کشور که استعفای محمد جواد ظریف را به معنای ناامیدی وی و همفکرانش از وضعیت کشور می‌دانند گفت: «اپوزیسیون خارج از کشور و اپوزیسیون داخلی -منظورم براندازهاست- همانند اصولگرایان سعی خواهند کرد که از این موضوع به نفع دیدگاه خودشان بهره‌برداری سیاسی کنند. تندروهای داخلی معتقدند که دولت روحانی با بحران مواجه شده ناکارآمد است و این استعفا را به دلیل این ناکارآمدی می دانند. و تندروهای خارجی یعنی براندازها هم سعی خواهند کرد که این موضوع را مصادره به مطلوب کنند و بگویند که این (استعفا) نشان دهنده بن‌بست مواجه شدن جمهوری اسلامی و زیاد شدن اختلافات داخلی است.»