۱- جمع آوری اطلاعات میدانی توسط نیروهای سازمان حفاظت محیط زیست و سازمان دامپزشکی کشور در قالب تکمیل فرم‌های خاص رخداد با بررسی اطلاعاتی:
I. فاکتورهای محیطی
II. تخمین زمانی شروع رخداد
III. گونه‌های درگیر
IV. سن و جنس پرندگان درگیر
V. تعداد پرندگان مریض/ مرده
VI. جمعیت در معرض خطر
VII. ویژگی‌های محل رخداد
VIII. تغییرات جمعیتی (پرندگان جدید که وارد منطقه شده اند)
۲- تحلیل داده‌های (میدانی) جمع آوری شده از محل رخداد
۳- تهیه تابلوی بالینی غالب پرندگان بیمار در محل رخداد
۴- تهیه تابلوی کالبدگشایی از پرندگان مریض و تازه تلف شده رخداد
۵- ارزیابی خواص فیزیکی شیمیایی آب و رسوب میانکاله
۶- ارزیابی اولیه تغییرات اکوسیستمی محل رخداد با استفاده از داده‌های پایش فصلی و نمونه‌های اخذ شده حین رخداد
۷- انجام اپیدمیولوژی توصیفی (تحلیل مکان، روند زمانی رخداد، ویژگی‌های میزبانان درگیر و تلف شده)
۸- ارائه فرضیه‌های احتمالی بروز رخداد
۹- انجام تست‌های آزمایشگاهی برای تأیید و یا رد فرضیه‌های احتمالی
۱۰- تحلیل نتایج آزمایشگاهی دریافتی از آزمایشگاه‌های مجاز و معتبر برای تأیید و یا رد فرضیه‌های احتمالی
۱۱- در صورت لزوم، فرضیات مجدداً مورد بررسی، اصلاح و ارزیابی قرار می‌گیرد
۱۲- اعمال اقدامات کنترلی و پیشگیری (کوتاه مدت میان مدت و بلند مدت)
۱۳- انتشار گزارش و آلگوریتم آزمایشگاهی در محورهای ۶ گانه بیماری‌های فرامرزی بر اساس تست‌های پیشرفته مولکولی، بیماری‌های باکتریایی با کشت در محیط‌های اختصاصی، مسمومیت‌های ناشی از سموم ارگانوفسفره، مسمومیت‌های ناشی از سموم ارگانوکلره، فلزات سنگین و بیوتوکسین و مطالعات میدانی عملیاتی انجام گرفته بر روی جمعیت حیات وحش دامی منطقه از جمله گراز (خوک وحشی) عامل اصلی رخداد مرگ و میر بالای پرندگان تالاب میانکاله سم بیوتوکسین حساس به حرارت (بوتولیسم) بوده است.
در پایان سازمان دامپزشکی کشور آمادگی خود را برای مشارکت مراکز تحقیقات و دانشگاهی که دارای صلاحیت و امکانات تشخیصی پیشرفته برای محورهای۶ گانه آزمایشگاهی اعلام شده است، اعلام می‌کند.