بخش عمده و قابل توجهی از تلفات پرندگان درحاشیه جنوبی تالاب صرفاً در طول حدود ١٠ کیلومتر از بیش از ٦٠ کیلومتر نوار ساحلی جنوب خلیج گرگان حادث شده است. تنها ورودی آبی خلیج گرگان که در شمال شرق پناهگاه قرار دارد از تنگه چاپاخلی است که به دریای مازندران راه دارد پیش ترها یک کانال طبیعی بنام کانال خُزینی بخش از پناهگاه را جدا می‌کرد و قسمت شرقی میانکاله را بنام جزیره آشوراده، شکل می‌داد که اکنون به دلیل عقب نشینی آب این کانال نیز خشک شده است.چند سال پیش در یک طرح غیر کارشناسی اداره محیط زیست مازندران اقدام به ایجاد دایک خاکی برای نگهداشت آب در بخش غربی خلیج گرگان و تالاب میانکاله کرده است، به این بهانه که از خروج و عقب نشینی آب جلوگیری کند.
‎
برخی از فعالان مستقل محیط زیست که موضوع تلفات ۵۰ هزار پرنده در میانکاله در سال قبل را بررسی کرده‌اند معتقدند همین دایک های خاکی که برای نگهداشت آب در بخش غربی خلیج گرگان و تالاب میانکاله به وجود آمده، با توجه به وزش باد از غرب به شرق، مواج بودن آب را خنثی کرده است و یکی از مهمترین عوامل تشدید مرگ و میر اخیر پرندگان در میانکاله شده است. این سازمان در طرحی دیگر اقدام به لایروبی (غیرکارشناسی) انهار منتهی به تالاب مورد اشاره کرد که نه تنها برای پناهگاه سودمند نبود بلکه باعث از بین رفتن نیزارهای طبیعی شد و مشکلات پسماند را بیشتر کرد. از آنجایی که نیزارها بمانند یک فیلتر آب را تا حد ممکن آلودگی‌زدایی می‌کردند نبود آنها به دلیل لایروبی غیر کارشناسی موجب آلایندگی بیشتر شده است.
‎
اما دلیل مرگ پرندگان مهاجر در خلیج گرگان و میانکاله چیست؟
‎از شهرستان زاغمرز و بهشهر گرفته تا گلوگاه و در نهایت بندر ترکمن اکثر قریب به اتفاق شهرک‌های صنعتی و غیر صنعتی شهرها و روستاهای حاشیه خلیج گرگان فاضلاب صنعتی، شهری و روستایی خود را به قلب تالاب و خلیج گرگان می‌ریزند تنها یکی از کارخانه‌هایی که پساب بدبو و متعفن خود را به تالاب میانکاله سرازیر می‌کند حدود سه دهه پیش در منطقه رستم کلاً تأسیس شد و مدیرانش ادعا می‌کردند که نخستین شرکتی هستند که مواد سلولزی طبیعی را به جای آزبست استفاده می‌کند. شرکت مذکور ادعا می‌کرد توانسته ماده‌ای جایگزین را تولید کند که از صنایع کاغذی گرفته تا صنایع ساختمانی سازگار با محیط‌زیست کاربرد داشته باشد. این خبر مثبت و مایه خوشحالی بود.اما اکنون مشخص شده است که سالهاست سرازیر شدن پساب بدبو و متعفن این کارخانه (که قرار بود محیط زیستی باشد) به تالاب بین المللی میانکاله در قلب ذخیره‌گاه زیست‌کره، خود به بلای جان محیط زیست تبدیل شده است.

‎این پساب خطرناک تنها یکی از صدها نهری است که مواد آلوده شهری و صنعتی شهرها و روستاهای نوار جنوبی خلیج گرگان، همچون کردکوی، بندر ترکمن، بهشهر، نکا و … را وارد تالاب می‌کند. پساب‌های حاصل از سموم کشاورزی صنعتی، کشتارگاه‌های مرغ، دامداری‌ها و مزارع پرورش مرغ و ماهی، شهرک‌های صنعتی بهشهر، گلوگاه، بندر ترکمن و…. نیز از دیگر معضلات اساسی پناهگاه حیات‌وحش میانکاله محسوب می‌شوند. علاوه بر این، باران‌های اسیدی حاصل از دود نیروگاه برقی شهر نکا را هم باید به فهرست معضلات ِفوق افزود. مگر یک تالاب که بخش عمده‌ای از آن هم خشک شده است، چقدر توان و ظرفیت دارد؟خلیج گرگان به دلیل عمق کم آب محل تغذیه بخش عظیمی از پرندگان مهاجر است که از نرم تنان موجود در گل و لای ساحل کم عمق آشوراده تغذیه می‌کنند.
‎از آنجایی که نور در محیط‌های دریایی مهمترین عامل فتوسنتز، تنظیم دما و نیز توزیع تراکم و فراوانی فیتوپلانگتونها و گیاهان آبزی به خصوص در نواحی کم عمق آب است، لذا تغییر در میزان شفافیت آب به دلیل وجود فاضلاب شهری و صنعتی عامل تهدید کننده‌ای برای جوامع حیاتی اکوسیستم محسوب می‌شود.

‎سال گذشته کارشناسان مستقل حیات وحش همچنین مؤسسه معتبر سم شناسی رازی از تلفات پرندگان مهاجر در میانکاله نمونه گیری و مغز حدود ٥٠ پرنده را مورد آزمایش قرار دادند و به نتایجی کاملاً متفاوت با ادعای سازمان دامپزشکی یعنی انتشار سم بوتولیسم که تنها عامل مرگ و میر پرندگان معرفی می‌شود دست یافته و نتایج آزمایش های این افراد وجود وبای پرندگان را بسیار محتمل و عامل تلفات پرندگان مهاجر می‌دانند.کارخانه کنسروسازی و کشتارگاه بزرگ مرغ در نزدیکی کانون تلفات (در کنار دیگر پساب‌های صنعتی) متهمان اصلی این مرگ و میر مشکوک قرار دارند. بنابر این به نظر می‌رسد سازمان دامپزشکی باید اجازه دهد دستگاه‌های دولتی و خصوصی متخصص مؤسسات سم شناسی معتبر به موضوع ورود کرده و لاشه پرندگان را مورد آزمایش قرار دهند تا ادعای سازمان دامپزشکی مبنی بر بوتولیسم ثابت شود.