ترکیه یکی از مهمترین تامین‌کنندگان قطعات برای این جنگنده‌هاست. این مقام پنتاگون درباره این اقدام جزئیات بیشتری ارائه نکرد.واشنگتن در سال ۲۰۱۹ ترکیه را از برنامه جنگنده‌های اف-۳۵ کنار گذاشت و استدلال می‌کرد که سامانه‌های موشکی هوایی اس-۴۰۰ که آنکارا خریداری کرده، می‌تواند از طرف روسیه برای دسترسی مخفیانه به جزئیات محرمانه جت‌های اف-۳۵ لاکهید مارتین مورد سوءاستفاده قرار گرفته و آن را با سامانه‌های ناتو ناسازگار دانست.
با این حال، ترکیه تاکید دارد که سامانه‌های اس-۴۰۰ با سامانه‌های ناتو تداخلی ندارد و هیچ تهدیدی علیه این ائتلاف نظامی نیست.به‌رغم حذف ترکیه از این برنامه و تحریم صنعت دفاعی ترکیه در ماه دسامبر، پنتاگون گفته است که همچنان برای قطعات اصلی اف-۳۵ به پیمانکاران ترکیه‌ای متکی خواهد بود.
یک دیده‌بان کنگره آمریکا در مه ۲۰۲۰ گزارش داد که تصمیم آمریکا برای کنار گذاشتن ترکیه از برنامه اف-۳۵ احتمالا موجب افزایش مشکلات زنجیره تامین از بابت افزایش تولید می‌شود. برنامه اف-۳۵ به ارزش ۳۹۸ میلیارد دلار از آن زمان با مشکلات بیشماری به ویژه کمبود موتور مواجه شده است.