بعد از آن که پیشنهاد مسئولان فدراسیون فوتبال به مدیرعامل باشگاه پرسپولیس رسید، بررسی تمام ابعاد این پیشنهاد در دستور کار قرار گرفت. در این مسیر، از یحیی گل‌محمدی نیز نظرسنجی شد و بنا به مصلحت اندیشی ملی، کمک به تیمی که متعلق به 85 میلیون نفر ایرانی است و نگاه ملی که همه پرسپولیسی‌ها در طول تاریخ به فوتبال کشورمان داشتند، به صورت موقت و تنها تا پایان دور مقدماتی انتخابی جام جهانی، باقری به عنوان دستیار اسکوچیچ به کادرفنی تیم ملی اضافه می‌شود.

تیم ملی کشورمان روز 13 خرداد مقابل هنگ‌کنگ، روز 17 خرداد برابر بحرین، 21 خرداد مقابل کامبوج و در نهایت سه‌شنبه 25 خرداد ماه با عراق در گروه سوم رقابت‌های انتخابی جام جهانی بازی خواهد کرد و بعد از اتمام این چهار مسابقه، کریم باقری به همراه محمدحسین کنعانی‌زادگان، مهدی ترابی، احمد نوراللهی، کمال کامیابی‌نیا و وحید امیری از اردوی تیم ملی به تمرینات پرسپولیس بازمی‌گردند.

بهار نیوز