نوشیدن قهوه با معده خالی، علاوه بر ایجاد مشکلات معده، مانند سوزش سر دل، رفلاکس و التهاب، مصرف آن در صبح نیز می‌تواند بر سطح ایمنی تأثیر منفی بگذارد.بسیاری از ما نمی‌توانیم روز را بدون قهوه شروع کنیم، اما اگر به عنوان اولین نوشیدنی صبح در حالی که هنوز معده خالی است مصرف شود، می‌تواند مضر باشد، زیرا کافئین موجود در قهوه ترشح اسید معده (اسید کلریدریک) را افزایش می‌دهد که معمولاً در هنگام هضم رخ می‌دهد بنابراین، باتوجه به اینکه هنگام صبح هیچ غذایی برای هضم وجود ندارد، این ترشح عمل خود را بر روی غشاهای مخاطی معده هدایت می‌کند و باعث ایجاد علائمی مانند سوزش سر دل یا حالت تهوع، تا حد رفلاکس، ورم معده و زخم می‌شود. اثرات قهوه روی معده خالی به همین جا ختم نمی‌شود. علاوه بر افزایش اسیدیته که می‌تواند به عملکرد معده آسیب برساند، برخی از مطالعات نشان می‌دهند که نوشیدن قهوه بلافاصله پس از بیدار شدن از خواب نتایج عکس دارد.

بیدار شدن از خواب در واقع ساعتی از روز است که کورتیزول که به عنوان "هورمون استرس" نیز شناخته می‌شود، در بالاترین سطح خود در بدن قرار دارد و مصرف کافئین می‌تواند ترشح آن را افزایش دهد که این امر می‌تواند به سیستم ایمنی بدن آسیب برساند و مشکلاتی ایجاد کند بنابراین، به خاطر سلامتی خود، باید سعی کنیم به محض بیدار شدن از خواب، با مصرف قهوه خداحافظی و سعی کنیم این مرحله را برای چند ساعت به تاخیر بیندازیم، زمانی که کورتیزول برای اولین بار به اوج خود رسیده است. برای همه کسانی که قادر به انجام این کار نیستند، بهتر است فنجان قهوه صبحگاهی خود را با صبحانه‌ای غنی از غلات کامل و فیبر بخورند تا جذب محرک را کاهش دهند.به گفته دانشمندان، کافئین به طور متوسط ​​در ۴۵ دقیقه پس از مصرف جذب می‌شود، اما حداکثر جذب آن پس از ۱۵ دقیقه قابل دستیابی است.