او در بخشی از صحبتهایش سرمربی استقلال را به عوامفریبی متهم کرده و گفته است: "در این مدت صحبتهایی مطرح شده که درست نبود. عوامفریبی دیگر کافی است. این تاکتیکی است برای فرار از انتقادها که دیگران را جلوی هواداران قرار بدهیم و خودمان را تبرئه کنیم". اما یکی از مهمترین بخشهای صحبتهای نکونام به جایی اش بر میگردد که او امیر قلعه نویی را تهدید به افشاگری در پارهای از مسائل کرده است: "اگر بعضیها به حرف زدنهایشان ادامه بدهند، مجبور میشوم حرفهایی بزنم که باب میلشان نباشد. مجبور میشوم قضیه ایمان موسویها و قضیه سربازی رفتن اطرافیان را بگویم تا مردم بفهمند در استقلال چه خبر است".
مصاحبه او را باید یکی از تندترین مصاحبههای جواد نکونام در طول زندگی ورزشیاش دانست. با این حال رمزگشایی از صحبتهای کاپیتان تیم ملی فوتبال ایران که ابتدای لیگ دوازدهم به استقلال پیوست و در این مدت چالشهای زیادی را تجربه کرد، کار چندان دشواری نیست. مشکل ایمان موسوی در استقلال با نیمکت نشینی و سکونشینی یکباره او رسانهای شد؛ موضوعی که تعجب بسیاری از کارشناسان و اهالی رسانه را به دنبال داشت. هرچند امیر قلعه نویی در همان زمان اعلام کرد مسائل فنی عامل نیمکت نشینی موسوی است، ولی این مسئله با توجه به عملکرد خوب موسوی در استقلال با وجود زمان کمی که برای هماهنگی با سایر بازیکنان داشت، برای هیچ کس قابل قبول نبود.
خیلیها ریشه این موضوع را قبل از سفر استقلال به کشور قطر برای حضور در مسابقات لیگ قهرمانان آسیا میدانند. در همان زمان یکی از اطرافیان کادر فنی که این روزها هم در تمرینات این تیم حضور دارد، از موسوی میخواهد تا در مدتی که استقلال در قطر حضور دارد اتومبیل لکسوس این بازیکن را قرض بگیرد. این درخواست با مخالفت موسوی مواجه میشود. پاسخ منفی مهاجم استقلال ناراحتی آن فرد را در پی دارد تا جایی که او تهدید میکند موسوی دیگر در ترکیب اصلی قرار نخواهد گرفت! اتفاقی که چند روز بعد و پس از بازگشت استقلال از قطر و در مسابقات بعدی عملی شد.
پیشنهاد همکاری اقتصادی این فرد با ایمان موسوی هم دیگر مسئلهای بود که باعث افزایش شکاف سرمربی با مهاجم این تیم شد. این فرد که هنوز دلایل میزان بالای نفوذش در تصمیمات امیر قلعه نویی مشخص نیست، فقط یکبار سود فعالیت مشترک اقتصادیاش با موسوی را به این بازیکن میدهد و پس از آن از دادن سودهای دیگر، خودداری میکند. این اتفاقات باعث میشود تا موسوی این مشکلات را با جواد نکونام در میان بگذارد و حتی کار به شکایت به نهادهای امنیتی هم کشیده میشود. بخصوص اینکه صابون تخلفات این فرد به تن جواد نکونام هم خورده بود.
یکی دیگر از تهدیدات نکونام، افشای قضیه "سربازی رفتن اطرافیان" است. باید دید منظور نکونام از اطرافیان کادر فنی کدام یک از نزدیکان تیم فوتبال استقلال است. علیرضا علیپور دبیر ستاد رسیدگی به تخلفات حرفهای فدراسیون فوتبال چند ماه پیش تایید کرده بود که جمعی از بازیکنان استقلال از یکی از اطرافیان قلعه نویی شکایت کردهاند. علیپور حتی تهدید کرده بود بعد از بازی استقلال با بوریرام اسنادش را علیه این فرد رو میکند: "پس از اين بازي، قطعا حرفهايي دارم كه با سند و مدرك بيان مي كنم كه ممكن است سيل بيايد و اين سيل افرادي را با خود ببرد. فعلا دوستان بتازند اما حرفهاي مهمي دارم كه بعدا ميزنم".
با وجود این، امیر قلعه نویی سرمربی استقلال به شدت پشت دوست خود ایستاد و با افشاگری چند مورد علیه علیرضا علیپور، دبیر ستاد رسیدگی به تخلفات حرفهای فوتبال را وادار به عقب نشینی کرد. بعد از آن بود که مجددا حضور دوست قلعه نویی در تمرینات پر رنگتر شد و این فرد در سکوت رسانهای و بدون توجه ستاد منشور اخلاقی، در کنار آبی پوشان حضور دارد.