یکی از امیدوارکننده‌ترین نظریات این است که اُمیکرون در یک میزبان مبتلا به نقص ایمنی ظاهر شده است؛ مانند فردی که عفونت HIV درمان‌نشده داشته باشد. افرادی که سیستم ایمنی ضعیفی دارند، منشا متداولی برای جهش هستند زیرا بدن آنها اغلب درگیر پاکسازی ویروس‌ها است و این موضوع به عامل بیماری‌زا امکان می‌دهد تا ماه‌ها تکثیر شود."چریتی دین"(Charity Dean)، یکی از مقامات سابق "دپارتمان بهداشت عمومی کالیفرنیا"(CDPH) گفت: شاید این نظریه توضیح دهد که چرا اُمیکرون حاوی چنین ترکیبی از جهش‌های عجیب و غریب است.

وی افزود: اُمیکرون به احتمال زیاد باید نتیجه تکامل مولکولی مداوم در یک میزبان باشد که به جمعیت وارد شده است.در هر حال، برخی از دانشمندان حاضر نیستند ایده گسترش اُمیکرون در یک گونه حیوانی را رد کنند. "رابرت گری"(Robert Garry)، استاد میکروبیولوژی و ایمن‌شناسی در دانشکده پزشکی "دانشگاه تولین"(Tulane University) باور دارد که اُمیکرون، حامل چندین جهش کلیدی است که می‌توانند به ویروس در آلوده کردن جوندگان کمک کنند."مارتین هیبرد"(Martin Hibberd)، استاد بیماری‌های عفونی نوظهور در "دانشگاه لندن"(University of London) گفت: ویروس ممکن است به حیوانات وحشی منتقل شده باشد و ما مدتی آن را ندیده باشیم و سپس، دوباره بازگشته باشد. با وجود این، ما شواهد زیادی در مورد آن نداریم.

احتمال تکامل سایر انواع کروناویروس در افراد مبتلا به نقص ایمنی
اُمیکرون در مجموع حاوی ۵۰ جهش است که بیش از ۲۰ مورد آنها کاملا جدید هستند. دانشمندان معتقدند که ویروس برای ایجاد این جهش‌ها، به فرصت‌های بسیاری برای تکثیر نیاز دارد و این نشانه می‌دهد که اُمیکرون احتمالا در یک میزبان مبتلا به نقص ایمنی تکامل یافته است.رید ادامه داد: ما در حال حاضر نمی‌دانیم که عفونت‌ها تا چه مدت می‌توانند در حیوانات باقی بمانند اما می‌دانیم که انسان‌های مبتلا به نقص ایمنی می‌توانند حامل عفونت‌های مزمن باشند.
پژوهشی که در سال ۲۰۲۰ در "New England Journal of Medicine" منتشر شد، نشان داد که ابتلا به کروناویروس در یک مرد ۴۵ ساله مبتلا به نوعی اختلال ایمنی موسوم به "سندرم آنتی فسفولیپید"(Antiphospholipid syndrome)، به مدت پنج ماه ادامه داشت. جهش‌های کلیدی موجود در سایر انواع نگران‌کننده مانند دلتا، آلفا و گاما نیز طی این مدت ایجاد شدند.همچنین، پژوهشگران گمان می‌کنند که نوع آلفا در یک فرد مبتلا به نقص ایمنی ایجاد شده است. هیبرد گفت: اُمیکرون تا اندازه‌ای به من یادآوری می‌کند که نوع آلفا چگونه در انگلستان به وجود آمد. به همین دلیل است که مردم فکر می‌کنند این ویروس احتمالا از یک بیمار نشات می‌گیرد.

توضیح منشا ابتدایی با نظریه مربوط به حیوانات
دانشمندان می‌گویند که از نظر تئوری، این امکان وجود دارد که کروناویروس، حیوانات را به صورت مزمن آلوده کند. شیوع بیماری در گوزن دم‌ سفید طی زمستان گذشته و راسوی هلندی طی ژوئن ۲۰۲۰ ممکن است شواهدی در مورد این موضوع باشد؛ اگرچه هیبرد و دیگران در مورد آن تردید دارند.هیبرد ادامه داد: نمی‌دانم چرا ابتلا به این ویروس در یک حیوان، ساده‌تر از انسان است. ما در اروپا، مواردی از ابتلای راسو را دیدیم و نگران انواعی بودیم که به واسطه شیوع در راسوها به انسان منتقل شوند اما این موضوع نهایتا ثابت نشد.با وجود این، نظریه حیوانی ممکن است به توضیح این که چرا دانشمندان نخستین مورد اُمیکرون را در ۹ نوامبر شناسایی کردند، کمک کند. اگر اُمیکرون در کمین حیوانات بود، تشخیص آن بسیار دشوار می‌شد.

بیمار صفر
رید گفت: اگر ما اُمیکرون را در یک جمعیت از حیات وحش پیدا کنیم، بدیهی است که مدرک محسوب خواهد شد اما شیوع مداوم این نوع، احتمال سرایت آن به گونه‌های جانوری را افزایش می‌دهد، در صورتی که پیشتر چنین نشده است. این بدان معناست که یک دریچه باریک وجود دارد تا نشان دهد که آیا حیوانات واقعا میزبان اصلی هستند یا خیر.هیبرد در مورد دانشمندانی که پیرامون این گونه از حیوانات وحشی بیش از اندازه نمونه‌برداری انجام می‌دهند، ابراز نگرانی کرد زیرا تعامل ما با آنها، احتمال ظهور عوامل جدید بیماری‌زا را افزایش می‌دهد.هیبرد گفت: من نمی‌خواهم مردم به دنبال خفاش‌ها بروند زیرا ممکن است بیشتر از حل کردن مشکل، مشکلات جدیدی را ایجاد کنند. اگر اکنون اُمیکرون را در یک انسان مبتلا به نقص ایمنی پیدا کنیم، نمی‌دانیم که آیا بیمار صفر است یا خیر.
"بیمار صفر"(Patient Zero)، به نخستین انسان بیماری گفته می‌شود که به بیماری ویروسی یا میکروبی آلوده شده باشد.بدین ترتیب، دانشمندان با توجه به کمبود اطلاعات باید بهترین حدس‌های خود را بررسی کنند.

بهار نیوز