مظاهری در دقیقه ۱۰ دیدار تیم‌های استقلال و ذوب آهن در اصفهان پس از مصدومیت سید حسین حسینی به میدان رفت، اما پس از این بازی مظاهری هرگز فرصت حضور در ترکیب استقلال را پیدا نکرد. با رفع مصدومیت حسینی این بازیکن در بازی بعد از ذوب‌آهن مقابل تراکتور به ترکیب اصلی استقلال برگشت و مقابل فجرسپاسی نیز دروازه‌بان اصلی استقلال بود، اما از هفته پنجم مسابقات لیگ برتر و دیدار استقلال مقابل نساجی مازندران که علیرضا رضایی درون دروازه استقلال قرار گرفت محمد رشید مظاهری از لیست ۲۱ نفره بازیکنان استقلال خط خورد. مظاهری در هفته‌های ششم، هفتم و هشتم نیز به ترتیب مقابل گل گهر سیرجان، صنعت نفت آبادان و پرسپولیس نیز جایی بین بازیکنان ذخیره استقلال نداشت تا همچنان چهار هفته متوالی بیرون از لیست استقلال قرار بگیرد.
این در حالی است که افراد نزدیک به تمرینات تیم استقلال دلیل این موضوع را نمی‌دانند و درباره رفتار محمدرشید مظاهری در تمرینات تیم استقلال اذعان می‌کنند که این دروازه بان با نظم و انضباط بسیار زیادی در تمرینات حضور پیدا کرده و بدون هیچ حرف و حدیثی دستورات تاکتیکی کادر فنی را اجرا می‌کند.

مظاهری فصل گذشته از مجموع ۳۰ هفته رقابت‌های لیگ برتر در ۱۹ بازی دروازه بان اصلی استقلال بود و در لیگ قهرمانان آسیا نیز در ۶ دیدار مرحله گروهی دستکش‌های دروازه‌بانی استقلال را به دست کرد و ۵۴۰ دقیقه برای تیمش به میدان رفت.برخی منابع نزدیک به تیم استقلال بر این اعتقادند که مظاهری در نیم فصل زمستانی نقل و انتقالات زمستانی لیگ برتر بیست و یکم از استقلال جدا می‌شود.