در ابتدای بررسی این بخش تبصره (۱۲) لایحه که مربوط به حقوق و دستمزد است، پیشنهاد «عبدالرضا مصری» نماینده کرمانشاه با تایید «علی نیکزاد ثمرین» که ریاست صحن را بر عهده داشت برای بازگشت تمام تبصره (۱۲) به کمیسیون تلفیق جهت بررسی دوباره دستمزد و حقوق ها در سال ۱۴۰۱ به رای گذاشته شد که رای نیاورد تا بررسی این تبصره در صحن مجلس پیگیری شود. در این باره «حمیدرضا حاجی بابایی» رییس کمیسیون تلفیق در مخالفت با بازگشت این تبصره به کمیسیون گفت: کمیسیون تلفیق بودجه کارهای کارشناسی خود را پیش از این درباره بودجه انجام داده و نظرش را هم اعلام کرده است و اگر نمایندگان پیشنهادی دارند در صحن بررسی شده و نظارت موافق و مخالف خود را بیان کنند.
در ادامه پیشنهاد «مصطفی طاهری» نماینده زنجان مبنی بر حذف جزء الحاقی (۱) به رای گذاشته شد که این پیشنهاد هم تصویب نشد. علاوه بر این«سید کاظم دلخوش اباتری» سخنگوی کمیسیون حقوقی و قضایی  هم در پیشنهادی خواستار اصلاح عبارتی بند الحاقی 1 در راستای کاهش مالیات حقوق اعضای هیات علمی شد و گفت: جایگاه هیات‌های علمی و پژوهشی بسیار بالا است و اگر کشور در فناوری‌های مختلف پیشرفت دارد به این دلیل است که این اساتید کار خود را به درستی انجام می‌دهند. از طرفی در لایحه بودجه حقوق و دستمزد اساتید علمی را پایین آوردیم و برای اینکه به مسائل پژوهشی کشور کمک کنیم،‌نیاز است به این بخش توجه شود.

در نهایت پیشنهاد دلخوش به تصویب نرسید.در ادامه پیشنهاد «سیدمهدی فرشادان» نماینده سنندج درباره معافیت مالیاتی حقوق های کارمندان زیر ۱۰ میلیون تومان مطرح شد که نمایندگان با این پیشنهاد مخالفت کردند.
«مالک شریعتی نیاسر» نماینده مردم تهران، پیشنهاد حذف جزء الحاقی (۲) را مطرح کرد و گفت: وقتی پزشکی که در بخش دولتی کار می کند باید این پزشک را حفظ کرد و سقف حقوق پزشک را برداشت. اما در بودجه نویسی به نحوی عمل می کنیم که دیگر بخش ها ضربه می خورند. چرا که یک قشر را استثناء از پرداخت مالیات، یک قشر را معاف از مالیات و برای یک قشر دیگر سقف حقوق تعیین می کنیم که باید در این باره نظام جامع حقوق و دستمزد برای همه این بخش ها تدوین شود.

در نهایت نیز این پیشنهاد رای نیاورد.در ادامه «سید مرتضی خاتمی» نماینده زنجان پیشنهادی برای اصلاح عبارتی در جزء الحاقی۲ را مطرح کرد که به تصویب نرسید.«عبدالعلی رحیمی مظفری» نماینده مردم فارس هم پیشنهاد دادکه عبارت«سایر پرداختی‌ها» در این بند شامل مالیات نشود و سایر پرداختی‌ها از مالیات معاف شود.

وی در این باره گفت: حق اولاد، حق مسکن، حق عائله مندی و حق مهد کودک شامل مالیات نمی شود و اینکه در جزء (۵) عبارت سایرپرداختی ها آمده است،‌ امکان دارد شامل این موراد شود لذا بهتر است این عبارت حذف شود.
نمایندگان در ادامه جزء الحاقی(۱)  را به کمیسیون تلفیق ارجاع دادند. بر اساس این جزء، پزشکان عمومی، متخصص و فوق تخصص، فرهنگیان، آموزگاران، دبیران، مشاوران و مربیان تربیتی شاغل در مناطق کمترتوسعه یافته و محروم کشور و صعب العبور و مناطق کوهستانی از پرداخت مالیات سالانه تا سقف  دومیلیارد و چهارصد میلیون(۲.۴۰۰.۰۰۰.۰۰۰)ریال معاف می باشند.

همچنین جزء الحاقی۲ هم به کیمسیون بازگشت. بر اساس این جزء اعضای هیأت علمی بالینی تمام وقت جغرافیائی و نیز پزشکان متخصص و فوق تخصص بالینی تمام وقت جغرافیائی شاغل در بخش های دولتی، مشمول پرداخت مالیات موضوع این جزء به نرخ ۱۰ درصد هستند.جزء (۵) بند (الف) تبصره (۱۲) لایحه بودجه ۱۴۰۱ که به تصویب نمایندگان رسید به این شرح است:۵- سقف معافیت مالیاتی سالانه موضوع ماده(۸۴) قانون مالیات­های مستقیم در سال ۱۴۰۱ مبلغ ششصد و هفتاد و دو میلیون (۶۷۲,۰۰۰,۰۰۰)ریال تعیین می­شود.
نرخ مالیات بر درآمد حقوق کارکنان دولتی و غیردولتی اعم از مجموع مندرج در احکام کارگزینی شامل حق شغل، حق شاغل، فوق العاده مدیریت و  فوق العاده مستمر و غیر مستمر و سایر پرداختی‌ها و کارانه به استثنای عیدی پایان سال به شرح زیر می­باشد:
۱-۵- نسبت به مازاد ششصد و هفتاد و دو میلیون (۶۷۲,۰۰۰,۰۰۰)ریال تا یک میلیارد و هشتصد میلیون (۱,۸۰۰,۰۰۰,۰۰۰)ریال، ۱۰ درصد
۲-۵- نسبت به مازاد یک میلیارد و هشتصد میلیون (۱,۸۰۰,۰۰۰,۰۰۰)ریال تا سه میلیارد (۳,۰۰۰,۰۰۰,۰۰۰)ریال، ۱۵ درصد
۳-۵- نسبت به مازاد سه میلیارد (۳,۰۰۰,۰۰۰,۰۰۰)ریال تا چهار میلیارد و دویست میلیون (۴,۲۰۰,۰۰۰,۰۰۰)ریال،۲۰ درصد
۴-۵- نسبت به مازاد چهارمیلیارد و دویست میلیون (۴,۲۰۰,۰۰۰,۰۰۰)ریال به بالا، ۳۰ درصد
میزان معافیت مالیات سالانه مستغلات اشخاص فاقد درآمد موضوع ماده(۵۷) قانون مالیات­های مستقیم و مالیات بر درآمد مشاغل موضوع ماده(۱۰۱) قانون مالیاتهای مستقیم سالانه به مبلغ سیصد و نود و شش میلیون(۳۹۶,۰۰۰,۰۰۰) ریال تعیین می­شود.