ژائو فلیکس در سال 2019 با شکستن رکورد نقل و انتقالاتی اتلتیکو مادرید و با امضای قراردادی به ارزش 126 میلیون یورو از بنفیکا به این تیم پیوست. با این حال این بازیکن 22 ساله نتوانست ثبات خوبی در ترکیب این تیم داشته باشد و نمایش درخشانی را از خود ارائه دهد.
مصدومیتهای متعدد نیز باعث شد که زمان حضور او در میدان در رقابتهای این فصل محدود شود و حتی شایعاتی درباره احتمال جدایی او در پنجره نقل و انتقالات زمستانی به گوش برسد. فلیکس در رقابتهای یورو 2020 در ترکیب پرتغال از ناحیه مچ پا مصدوم شد تا مسابقات اول فصل اتلتیکو را از دست بدهد و پس از آن در ماه نوامبر از ناحیه ماهیچه ران پا دچار مصدومیت شد.
جذب ماتئوس کانیا و آنتوان گریزمان در تابستان گذشته باعث شد که فرصت او برای حضور در میدان کمتر از پیش شود و هرچند در یکی دو ماه اخیر توانسته بیشتر برای اتلتیکو بازی کند ولی بسیاری معتقدند او در انتخاب اتلتیکو مرتکب اشتباه شد و در حال تلف کردن وقتش در تیم دوم شهر مادرید است.
آرسنال در تابستان گذشته به دنبال جذب ستاره پرتغالی بود اما نهایتاً فلیکس در وندا متروپولیتانو ماندگار شد. در همین راستا اکنون جرارد رومرو خبرنگار نزدیک باشگاه بارسلونا ادعای جالبی را مطرح کرده و مدعی شده که فلیکس در مسیر انتقال به بارسلونا قرار گرفته است. این خبرنگار مدعی شده که خورخه مندس، مدیر برنامههای ژائو فلیکس با مدیران بارسا جلسهای داشته و این مسئله احتمال رخ دادن این انتقال را افزایش داده است. همچنین در صورت ناکامی اتلتیکو مادرید در کسب سهمیه لیگ قهرمانان اروپا احتمال انتقال فلیکس به نوکمپ افزایش خواهد یافت.