مولر به تازگی قراردادش را تا سال 2024 با بایرن مونیخ تمدید کرده و به احتمال بسیار زیاد یکی از بازیکنان تک باشگاهی تاریخ فوتبال خواهد شد.
این بازیکن در طول دوران حضورش در آلیانز آرنا بارها و بارها جامهای قهرمانی مختلفی از جمله بوندسلیگا و لیگ قهرمانان را با این تیم بالای سر برده است.
با این حال این بازیکن مدعی شده که در طول دوران حضورش در بایرن سه بار به فکر جدایی از این باشگاه و پیوستن به تیمهای دیگری افتاده، اتفاقی که در نهایت عملی نشده است.
مولر در گفتگو با مرکور درباره احتمال جدایی از بایرن پس از حضور لوییس فن خال روی نیمکت یونایتد اظهار داشت:« بایرن خیلی زود همه چیز را رد کرد. این در حالی بود که من پیشنهادی دیوانهوار از یونایتد دریاف کرده بودم. اما این کار از سوی بایرن به معنای اعتماد محکمی بود که آنها به من داشتند.»
یکی دیگر از این مقاصد احتمالی در ابتدای دوران فوتبال او و تیم هوفنهایم بود. او در این باره گفت:« انتقالم به این تیم در آن زمان بسیار محتمل و نزدیک بود. الان که به عقب نگاه میکنم خوشحالم که هرمان گرلاند، سرمربی وقت بایرن، اجازه این انتقال را نداد.»
او همچنین به شرایط سخت و نگرانیهایی که تحت هدایت نیکو کواچ تجربه کرده اشاره کرد:« از آنجایی که در آن زمان فرصت بازی زیادی به من نمیرسد، ترجیح دادم که به احتمال جدایی هم فکر کنم و به هر قیمتی دنبال مذاکره با باشگاه بودم اما در نهایت در همین تیم ماندگارشدم.»