محمد الننی در سال 2016 از باشگاه سوئیسی بازل به آرسنال منتقل شد و از آن زمان یکی از مهمترین بازیکنان توپچی ها بوده است. او تا به اینجا 147 بازی برای آرسنال انجام داده، پنج گل به ثمر رسانده و 10 پاس گل داده است. او همچنین اولین مصری تاریخ باشگاه آرسنال محسوب می شود که 93 بازی ملی هم در کارنامه دارد.
الننی اولین بازی خود را برای آرسنال در پیروزی 2-1 مقابل برنلی در جام حذفی در ژانویه 2016 انجام داد و در تیم قهرمان جام حذفی 17-2016 حضور داشت. او همچنین بخشی از تیمی بود که در سالهای 2017 و 2020 برنده جام اتحادیه فوتبال انگلیس شد و به آرسنال کمک کرد تا به فینال لیگ اروپای 19-2018 باکو برسد.
باشگاه آرسنال دقایقی پیش به شکل رسمی اعلام کرد که قرارداد این ستاره مصری به مدت یک فصل دیگر تمدید شده است. همچنین این قرارداد میتواند به مدت یک فصل اضافه دیگر نیز تمدید شود. الننی بعد از تمدید با آرسنال گفت: "من عاشق این باشگاه و احساس می کنم بخشی از این خانواده هستم. من می خواهم در این باشگاه شگفت انگیز و خانواده شگفت انگیز ادامه دهم و برای آینده بسیار خوشحال و هیجان زده هستم."