اما جایگاه اسکوچیچ به عنوان سرمربی تیم ملی، بعد از قرعه کشی جام جهانی ۲۰۲۲ متزلزل شد. زمزمه ها برای برکناری این مربی کُروات بالا گرفت و ابتدا کمیته فنی فدراسیون فوتبال رای به اخراج او داد. بعد از گذشت کمتر از یک هفته و مذاکرات فدراسیون فوتبال با گزینه هایی چون علی دایی، اسکوچیچ در تیم ملی ماندنی شد اما این تصمیم بازهم دستخوش تغییر شد.
با برگزاری انتخابات فدراسیون فوتبال و بازگشت مهدی تاج به عنوان رئیس این فدراسیون، در نهایت اسکوچیچ از تیم ملی ایران اخراج و کارلوس کی روش به جای او انتخاب شد.اسکوچیچ بعد از جدایی از تیم ایران، از گفتگو با خبرنگاران خودداری کرد. مربی کُروات که گفته می شد یکی از گزینه های مدنظر تیم ملی فوتبال عراق هم بوده است، در این مدت تنها با انتشار پیامی در اینستاگرام خود، مصاحبه ای که به نقل از او منتشر شده بود را تکذیب و اعلام کرد که از هیچ کشوری پیشنهاد ندارد.
سکوت اسکوچیچ حتی بعد از ترک تهران و بازگشت به کرواسی هم ادامه داشت تا اینکه سرانجام او در مصاحبه ای به این سکوتش با پاسخ دادن به سئوالاتی در خصوص تیم ملی، اخراجش با تصمیم مهدی تاج و پیشنهاداتی که دارد، پایان داد. این مربی تاکید کرد که پیشنهاداتی هم دارد و قیمت و ارزش قراردادی اش به واسطه نتایجی که در ایران گرفته، در حال افزایش است.
اسکوچیچ ابتدا درباره بازگشتش به کرواسی گفت: من ۲-۳ روز پیش آمدم. هنوز با برخی از دوستانم در ایران در ارتباط هستم. شرایط در این کشور خیلی خوب نیست و امیدوارم هر چه زودتر مشکلات را حل کنند.
وی در پاسخ به این سئوال که به نظر می رسد جام جهانی قطر را در تلویزیون خواهد دید نه به عنوان سرمربی ایران، اظهار کرد: متأسفانه بله. اما من نمی توانم چیزی را تغییر بدهم، این در اختیار و کنترل من نیست.
سرمربی سابق تیم ملی ایران که با رادیو Rijeka گفتگو می کرد، تصریح کرد: با تیم ملی ایران بهترین عملکرد ممکن را در مسابقات انتخابی جام جهانی در آسیا داشتم. ما بازی های زیادی را بردیم و رکوردهایی را به ثبت رساندیم. پس از آن، روزی رئیس (فدراسیون فوتبال ایران) تصمیم به اخراج من گرفت.اسکوچیچ خاطرنشان کرد: من تصمیم او (مهدی تاج) را پذیرفتم و اکنون اینجا هستم، بدون کار. قصد دارم برای چند ماه استراحت کنم.
وی گفت: پس از کسب نتایج عالی در ایران، قیمت و ارزش من به عنوان مربی در حال افزایش است و پیشنهاداتی هم دارم اما قبل از هر تصمیمی در مورد آینده ام وقت می گذارم. آنها (فدراسیون ایران) جام جهانی را از من گرفتند اما نتیجه و رکوردها جزوی از تاریخ تیم ملی ایران خواهد ماند. امیدوارم ایران در جام جهانی کار بزرگی انجام دهد.