با افزایش قیمت دارو برای شرکت‌های تولیدی، حجم نقدینگی مورد نیاز داروخانه‌ها نیز می‌بایست افزایش یابد. اما، اغلب داروخانه‌ها به خصوص داروخانه‌های کوچک، از توانایی مالی برای خریدهای نقدی برخوردار نیستند.در عین حال، تأخیر بیمه‌ها در پرداخت یارانه دارو به داروخانه‌ها، باعث تشدید بحران مالی داروخانه‌ها شده است.این موضوع در جلسه شورای عالی نظام پزشکی نیز مورد تاکید اعضا قرار گرفته و عنوان داشته اند که بحث ورشکستگی و بروز مشکلات مالی داروخانه‌ها معضل بسیار جدی است.

همچنین در همان جلسه شورای عالی نظام پزشکی، به این موضوع نیز اشاره شده که کاهش سود داروخانه‌ها و مطالبات داروخانه‌ها از سازمان‌های بیمه‌گر اسبابی است که داروخانه‌ها را به تدریج از رقابت سالم مبتنی بر سلامت به عنوان یک واحد اقتصادی کوچک، خارج خواهد نمود و تلفیق آئین‌نامه تأسیس داروخانه‌های سال ۱۴۰۰ و طرح دارویار، این نگرانی را بیشتر دامن زده است که داروخانه‌های کوچک در دام داروخانه‌های زنجیره‌ای بیافتند و نقش داروخانه به عنوان آخرین حلقه درمان فراموش شود.گمان می‌رود با افزایش قیمت دارو و پوشش داروهایی که در چند سال اخیر در چتر بیمه نبودند، فشار فراوانی به داروخانه‌ها به عنوان خریداران اصلی وارد آید و در شرایط فعلی، کاهش درآمد داروخانه‌ها به بهانه کاهش از جیب مردم، اتفاق افتاده است.