گفته می شود این مربی پیش از این هم ۲ میلیارد تومان به باشگاه استقلال برای کاهش قرارداد خود اجازه داده بود. با این حال خبرهای رسیده از باشگاه استقلال حاکی از آن است تخفیف جواد نکونام به تیم استقلال بیش از ۴.۵ میلیارد تومان بوده است. برخی منابع خبری مدعی هستند رقم واقعی قرارداد جواد نکونام که در سازمان لیگ ثبت شده است نزدیک به ۱۰ میلیارد تومان کمتر از عددی است که این مربی با حجت کریمی مدیر وقت باشگاه استقلال توافق کرده بود.جواد نکونام در مقام سرمربی برای اینکه به نتیجه گیری تیم کمک کند با گذشت از عددی نزدیک به ۱۰ میلیارد تومان کمک زیادی به استقلال برای رعایت سقف قرارداد کرده است.