فارغ از مباحث اقتصادی ادغام این صندوق‌ها، چالش‌ها و موانع حقوقی بسیاری در این زمینه وجود دارد که یکی از مسائل مهم در این زمینه، تفاوت در ماهیت حقوقی این صندوق‌هاست و باید این موضوع بررسی شود که با توجه به ماهیت حقوقی متفاوت این صندوق‌ها، اساساً امکان ادغام آن‌ها با یکدیگر وجود دارد؟ چگونه می‌توان صندوق «بازنشستگی، پس‌انداز و رفاه کارکنان صنعت نفت» که ماهیت حقوقی صنفی-اختصاصی دارد را با سازمان تأمین اجتماعی که یک ماهیت حقوقی غیردولتی عمومی دارد، ادغام کرد؟  یکی دیگر از مهم‌ترین چالش‌ها در این زمینه، نادیده گرفته شدن حقوق مکتسبه افراد است. مهم‌ترین حقوق مکتسبه اعضای صندوقی که در صندوق دیگر ادغام می‌شود، سوابق شغلی یا سال‌های پرداخت حق بیمه است. ممکن است در مواردی، اعضای صندوق ادغام شده، مزایای کمتر از میزان مشارکت خود در صندوق سابق، دریافت کنند و یا با افرادی که مشارکت کم‌تری در تأمین منابع مالی صندوق داشته‌اند، برابر دانسته شوند از طرفی، وضعیت حقوقی جدید ناشی از ادغام، ممکن است موجب تحمیل هزینه بیشتر به اعضای سابق صندوق و نادیده گرفتن حقوقی که پیش از ادغام از آن برخوردار بوده‌اند، شود. به دلیل رعایت همین مورد است که در نظام تأمین اجتماعی ایران اگر شخص بخواهد صندوق بازنشستگی خود را تغییر دهد، در برخی موارد سوابق شغلی او نادیده گرفته می‌شود و یا در مواردی باید مبلغی به عنوان مابه‌التفاوت حق بیمه، پرداخت کند.  
رضایت اعضای صندوق‌های بازنشستگی در بحث ادغام از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است چون ادغام، اختلاط سرمایه اعضای صندوق‌ها را به دنبال دارد و بر اساس قواعد عمومی قراردادها، تصرف در دارایی‌های اشخاص، مستلزم رضایت آنهاست. بر اساس قواعد حاکم بر اشاعه، هیچ یک از شرکا نمی‌توانند، بدون اذن دیگرى در مال مشاع تصرف نمایند؛ زیرا انتشار حق مالکیت شرکا در تمام اجزاى مال مشاع باعث می‌شود تا هر تصرف، تجاوز به حقوق دیگران به حساب آمده و بدون اذن همۀ شرکا میسر نگردد از طرفی در ماده ۵۸۱ قانون مدنی آمده است که تصرفات هر یک از شرکا در صورتى که بدون اذن یا خارج از حدود اذن باشد، فضولى بوده و تابع مقررات معامالت فضولى خواهد بود. بر این اساس دخالت سایر اشخاص حقیقی یا حقوقی بدون رضایت اعضای صندوق نسبت به اموال صندوق از طریق ادغام یا غیر آن صحیح نیست.
 
حقوق مکتسبه افراد در ادغام صندوق‌های بازنشستگی از بین می‌رود
 یک وکیل پایه یک دادگستری و مدرس دانشگاه در این باره گفت: «ادغام صندوق‌های بازشستگی چالش حقوقی دارد و به آسانی صورت نمی‌گیرد چون باید حقوق مکتسبه افراد رعایت شود و به نحوی نباشد که گویی «مدیریت موقت یک مشکل، با دست کردن در جیب دیگران» است».
 
 دکتر مسلم آقایی طوق گفت: «ادغام صندوق‌های بازنشستگی، یکی از اصولی است که اخیراً پیرامون صندوق‌های مالی و حمایتی در همه کشورها مطرح شده چون وقتی صندوق‌ها به صورت  غیر متمرکز فعالیت کنند، درحقیقت توان مالی حمایتی از آن‎ها گرفته شده و نمی‌توانند سرمایه‌گذاری و در نهایت، حمایت لازم را انجام دهند از طرفی آن‌هایی که توان مالی بیشتری دارند، جدا می‌شوند و ضعیف‌ها بعداً نمی‌توانند از مشمولین خود حمایت کنند بنابراین یا ورشکست می‌شوند یا تلاش می‌کنند اشخاص مستمری بگیر خود را کم کنند بنابراین یکی کردن توان مالی یا کم کردن تعداد صندوق‌های بازنشستگی همیشه مورد حمایت است اما ادغام این صندوق‌ها نیاز به ظرف زمانی طولانی و دوران گذار ۲۰ یا ۳۰ ساله دارد و نمی‌توان با قانون‌گذاری در یک شب، آن را انجام داد چون مسائل و مشکلات حقوقی به دنبال آن، رخ می‌دهد».
 
آقایی با بیان اینکه ادغام صندوق‌های بازنشستگی چالش حقوقی دارد و به آسانی صورت نمی‌گیرد، تصریح کرد: «صندوق‌های بازنشستگی بر اساس قوانین مختلف تشکیل شدند و ادغام آن‌ها توسط دولت امکان پذیر نیست و باید توسط قانون گذار ادغام شوند اما قانون‌گذاری و ادغام صندوق‌های بازنشستگی تمام ماجرا در این موضوع نیست چون در تمام صندوق‌ها، سرمایه‌گذاری‌هایی صورت گرفته و حق و حقوق‌هایی پرداخت شده است از طرفی چون صندوق‌های بازنشستگی به صورت متفاوت طراحی شدند، ساختار و ترکیب متفاوتی دارند، به عنوان مثال، درصد پرداخت حق بیمه توسط دولت، کارفرما و کارمند در صندوق‌های بازنشستگی، متفاوت است و با ادغام این صندوق‌ها، تمام حساب و کتاب‌ها برهم می‌خورد. وقتی صندوق «الف» که مستمری بیشتری پرداخت می‌کند با صندوق «ب» که مستمری کم‌تری پرداخت می‌کند، ادغام شود، حقوق چه کسی تحت تاثیر قرار می‌گیرد؟ چگونه قرار است این موارد در قوانین دیده شود؟»
 
او با بیان اینکه در ادغام صندوق‌های بازنشستگی، حقوق مکتسبه افراد از بین می‌رود، توضیح داد: «ادغام صندوق‌های بازنشستگی، مانند ادغام دو وزارتخانه دولتی نیست چون منطق مالی در این صندوق‌ها حاکم است. مستمری بگیر صندوقی که مشکل مالی حاد ندارد وقتی با صندوقی که مشکل مالی دارد، ادغام شود به نحوی است که گویی دست در جیب این افراد می‌شود و حقوق آن‌ها تضییع می‌گردد بنابراین در صورت ادغام، باید حقوق این افراد دیده و تضمین شود که قرار نیست مستمری آن‌ها کاهش پیدا کند».
 
وی با بیان اینکه باید جزئیات ادغام صندوق‌های بازنشستگی مشخص باشد، ادامه داد: «به نظر من این تضمین‌ها صورت نمی‌گیرد و اگر این چنین نشود، در حقیقت اسم آن مدیریت موقت یک مشکل، با دست کردن در جیب دیگران است. درست است که اگر صندوق‌ها یکی باشد بهتر است اما همه جوانب صرفه و صلاح صندوق باید در نظر گرفته شود، دولت نباید با در نظر گرفتن امتیاز ویژه برای برخی، عائله اضافی برای صندوق درست کند و  قوانینی تدوین نکند که درآمد آتی صندوق را تحت تأثیر قرار دهند».
 
این حقوقدان با اشاره به لزوم پرداخت بدهی دولت به صندوق‌های بازنشستگی، عنوان کرد: «مدیریت صندوق‌های بازنشستگی نباید به نحو مدیریت دولتی که ذاتاً ناکارآمد است، باشد چون در این صورت مشکل صندوق‌ها حل نشده و فقط به تعویق می‌افتد بنابراین ادغام صندوق‌های بازنشستگی باید همراه با شفافیت باشد».