آرامگاه امام حسین (ع) در زمان مأمون فرصت بازسازی پیدا کرد، اما خلیفهی دیگر، متوکل عباسی دستور تخریب آن را داد. به آرامگاه آب بستند تا ویران شود. روایت است زمین مزار امام حسین (ع) را پس از آن ویرانی شخم زدند و در آن کِشت کردند.بعد از متوکل عباسی به شیعیان امان داده شد و آرامگاه دوباره بنا شد. این بار گلدستههایی به حرم اضافه کردند. آخرین بازسازی به دوران حکومت آلبویه برمیگردد، ساختمان حرم در طول چهار سال ساخته شد که این قسمت از حرم، با وجود آتشسوزی هزار سال قبل و تعرضهای مغول و رژیم بعث صدام تا امروز دوام آورده است.
صفویه، زندیه و قاجاریه هر یک در تعمیر و توسعهی این حرم و البته تزئینات آن نقش زیادی داشتند. در زمان قاجار گنبد حرم، طلاکاری و تذهیب شد؛ اما حدود دو قرن پیش با حملهی وهابیها غارت و ویرانی دیگری در آرامگاه امام حسین (ع) اتفاق افتاد که فتحعلیشاه قاجار دستور بازسازی آن را داد و همان زمان، ضریح تازهای در حرم نصب شد.
در دوران حکومت صدام بر عراق، ردپای ایرانیها که در کتیبههای حرم امام حسین (ع) به چشم میآمد کاملا محو شد تا اثری از ایرانیها نباشد، اما با براندازی حکومت صدام هنرمندان ایرانی بار دیگر مشغول بازسازی و توسعهی حرم امام حسین شدند. حدود 12 سال است که هنرمندان ایرانی مشغول آراستن حرم هستند.
ضریح جدید با طرحی از استاد «محمود فرشچیان» و خطاطی و قلمزنی دیگر هنرمندانی چون استاد «موحد» و «مصطفی حدادزاده» دو سال پیش در حرم نصب شد. اکنون ستونهای حرم برای وسیع شدن فضا در حال باریکسازی و مقاومسازی است تا پس از آن، گنبد حرم هفتونیم متر ترفیع شود.