محسن خوشکام، از اعضای هیات مدیره این مسجد بیان میکند: سال 1308 قمری موقوفه مشیرالسلطنه ساخته شد و میرزا احمد خان مشیرالسلطنه، وزیر خزانهداری مظفرالدین شاه این مسجد را ساخت که 9 حجره داشته و طلبهها در آن ساکن بودند.او که خودش هم در این مدرسه درس طلبگی خوانده است، میافزاید: سال 1321 همراه با تاریخی که روی ساعت درج شده، ساخت بنا به اتمام رسیده و چون مشیرالسلطنه فرزندی نداشته، این بنا را وقف کرد. خودش هم مدت 40 روز شاه شد و بعد از اینکه مجلس عدم صلاحیت او را تایید کرد، خلع لباسش کردند و صدراعظم شد.من از سال 56 و به مدت سه دوره عضو هیات مدیره مسجد بودهام. در وقف نامه مشیرالسلطنه این مسجد به نام "مقنی باشی" آمده است. این مسجد طلبهی ساکن هم داشته است، اما حدود چهار سال پیش که سازمان میراث فرهنگی تصمیم گرفت تعمیرات مدرسه را شروع کند، دیگر طلاب ساکن آن نیستند، اما کلاسهای درسمان دایر است.
او درباره تعمیرات انجام شده مدرسه و مسجد میگوید: در یک دوره ساعت را تعمیر و کاشیهای دور را بازسازی کردند، پشت بام را خراب و آجر کردند که بعد از مدتی سقف شروع به آب دادن کرد و سه کارشناس میراث هم بعد از بازدید از مسجد تایید کردند که پیمانکاری که برای میراث کار میکرده، مرمت را به اشتباه انجام داده است. بنابراین کار را به یک پیمانکار دیگر سپردند که آن هم ساعت قدیمی مسجد را دستکاری کرد. برج ساعت به شکل سنتی بود که با مرمتهای صورت گرفته به روی آن کمی تاب برداشت و به سمت خیابان کشیده شد. کارشناسان میراث بعد از آنکه خسارتهای پشت بام را برآورد هزینه کردند، قرار شد ما این تعمیرات را انجام دهیم و بعد سازمان میراث فرهنگی هزینه آن را به ما بپردازد، حدود 5 میلیون تومان هم برای این کار هزینه کردیم و میراث گفت چون قراردادی در این زمینه بسته نشده بنابراین نمیتواند بیشتر از مبلغ 2 میلیون تومان به ما پرداخت کند و مابقی هزینهها را نپرداختند.
خوشکام میگوید: مشکل اصلی مسجد سقف آن بود. زمانی که آقای احمدی نژاد شهردار تهران بود، از مسجد دیدن کرد. بودجهای هم برای مرمت این مسجد و چند مسجد دیگر که حدود 20 میلیون تومان بود در نظر گرفت و آن را به پیمانکار دادند تا مسجد مشیرالسلطنه و چند مسجد دیگر را تعمیر کند، پیمانکار هم به جای آنکه مشکل اصلی مسجد که سقف بود را درست کند کف حیاط را موزائیک کرد. پشتبام را هم نصف و نیمه ایزوگام و بعد آن را رها کرد. زمانی هم که موضوع را پیگیر شدیم، گفتند آن پیمانکار کلاهبرداری کرده است.
داخل مسجد هم جای نم زدگی پشت بام مشخص است. روی ستونهای سنگی را که به نظر میرسد با گچ پوشاندهاند نیز ترک خورده است. داخل یکی از حجرهها هم کتیبهای وجود دارد که به نظر میرسد تبدیل به انباری شده است.میرزا احمد خان مشیرالسلطنه در همان سالهایی که به مقام صدارت و وزارت میرسید، این مسجد- مدرسه را ساخت و ساعت بزرگی رو به خیابان بنا کرد که تا مدتها به همراه ساعت ساختمان شمسالعماره و ساعت مسجد امام (مسجد شاه سابق)، از جمله معدود ساعتهای موجود در تهران بودند. بعدها ساعت بلدیه در توپخانه و ساعت صحن حضرت عبدالعظیم الحسنی(ع)نیز به آنها اضافه شدند و سرانجام هنگام ساخت ساختمان اصلی ایستگاه راه آهن، تعداد ساعتهای عمومی در تهران افزایش پیدا کرد.