اختلاف اساسی به وظایف مجمع تشخیص مصلحت نظام بازمی‌گردد. منتقدان عملکرد دبیرخانه مجمع تشخیص بر این عقیده هستند که محسن رضایی و برخی دیگر از اعضای این نهاد در پی اقدامات فراقانونی هستند که جایگاه مجمع تشخیص مصلحت نظام را به سمت و سوی مجلس سنا تغییر می‌دهد. منتقدان می‌گویند بنا بر اصول قانون اساسی مجمع تشخیص مصلحت نظام تنها باید در هنگام اختلاف میان مجلس با شورای نگهبان در طرح‌ها و لوایح یکی از این دو نظر را تایید کند.

به بیان دیگر تنها وظیفه مجمع تشخیص مصلحت نظام آن است که یا بر خلاف شرع و قانون اساسی اعلام کردن شورای نگهبان مهر تایید بزند و یا بنا بر «مصلحت» دیدگاه نمایندگان مجلس را درباره طرح‌ها و لوایح بپذیرد.در مقابل اما دبیر مجمع تشخیص و برخی دیگر از چهره‌های صاحب نفوذ حاضر در مجمع بر این اعتقادند که آنان می‌توانند نسبت لوایح و طرح‌ها را با سیاست‌های کلی نظام نیز بررسی کرده و در صورت لزوم خود دست به مداخله در امر قانون‌نویسی ببرند تا قوانین مطابق سیاست‌های کلی نظام تدوین و نگارش شود.

با نگاهی به اصول قانون اساسی ‌می‌توان به این نتیجه رسید که آن‌چه موافقان مداخله مجمع تشخیص در موضوع قانون‌نویسی می‌گویند حتی اگر سخن درستی باشد هم منطبق بر قانون نیست و ما شاهد اقدامی فراقانونی هستیم. واقعیت آن است که آنچه از سوی مجمع در حال انجام است در نهایت به کم‌رنگ شدن و حذف نقش و اثرگذاری مجلس منتهی خواهد شد زیرا این نهاد انتصابی می‌تواند هر بار با بهانه قرار دادن بخشی از سیاست‌های کلی نظام مصوبات نمایندگان مجلس به عنوان نهادی انتخابی را وتو کند و این چنین اثری از مجلس در نظام قانون‌گذاری کشور باقی نخواهد ماند؛ بدیهی است که چنین امری خلاف روح و متن قانون اساسی است.

عزم جدی‌تر رییس قوه مقننه و رییس‌جمهور در جایگاه مسئول اجرای قانون اساسی در کنار حضور آیت‌الله آملی لاریجانی به عنوان فردی که یک دهه در راس عالی‌ترین نهاد حقوقی کشور بوده‌اند شاید این امکان را فراهم بیاورد تا در آینده‌ای که چندان دور هم نخواهد بود شاهد تغییری در این رویه خلاف اصول قانون اساسی باشیم. بی توجهی به این امر و یا بی اهمیت انگاشتن آن در نهایت سبب کاهش وجوه مردم‌سالارانه تصمیمات خواهد شد که سبب وارد آوردن خسارت‌های قابل توجهی به ساختار سیاسی کشور می‌شود.