ماهها است که از زمان بردن لایحه بودجه به مجلس تا تصویب و اکنون اجرای آن افزایش حقوق کارکنان به هر دلیلی محلی برای اختلاف نظر بین برخی نمایندگان و دولت بوده است. دولت که خود پیشنهاد افزایش یکسان حقوق کارکنان را تا ۲۰ درصد به مجلس برده بود، در نهایت با مخالفت نمایندگان و طی کردن مسیری پرپیچ و خم با مصوبه افزایش ۴۰۰ هزار تومانی به طور یکسان و افزایش تا سقف ۱۰ درصد در کنار آن مواجه شد و معتقد بود که این مصوبه به لحاظ کارشناسی منطقی نبوده و باید به گونهای دیگر باشد ولی در نهایت تاکید بر این شد که هر آنچه در مجلس به تصویب برسد را دولت اجرایی خواهد کرد.نحوه پرداخت حقوقها در سال ۱۳۹۸، به نحوی پیش رفته که مجلس معتقد است دولت مصوبه را به درستی اجرا نکرده و آنچه که مدنظر آنها بوده، به حاشیه رفته است؛ به طوری که برخی نمایندهها میگویند انتظار داشتند با مصوبه حقوقی عدالت بین کارکنان اجرایی شده و میزان افزایش به گونهای باشد که حقوقهای با ارقام پایین در شرایط موجود اقتصادی مورد حمایت قرار بگیرند، اما آنچه که دولت اجرا کرد به شکلی بود که برخی چهار تا پنج میلیون تومان افزایش حقوق دارد و برخی با دریافتهای پایین، افزایش حقوق مناسبی نداشتهاند.
اخیراً حاجیبابایی -نماینده مجلس- با انتقاد از نحوه عملکرد سازمان برنامه و بودجه در پرداخت حقوقها گفته که آقایان میگویند قانونی به ما ابلاغ شده که هر طور که دلمان خواست، حقوقها را افزایش دهیم و این متن بی آنکه در صحن علنی مجلس قرائت و تصویب شود، به دولت ابلاغ شده است!اما از سوی نوبخت -رئیس سازمان برنامه و بودجه- که بارها تاکید کرده که دولت مصوبه مجلس را اجرا و تخلفی از آن ندارد، گفته است که آنچه مجلس برای افزایش حقوق کارمندان تصویب کرد، طبق تأیید دستگاههای نظارتی، دولت به درستی در مورد آن عمل کرد و اگر از آنچه اجرایی شده رضایتی وجود ندارد، اگر نمایندگان قانون را عوض کنند، ما نیز آن را اجرا خواهیم کرد.اظهارات نوبخت به این اشاره دارد که به هیچ وجه در مصوبه مجلس درباره پلکانی، صعودییا کاهشی بودن افزایش حقوق موضوعی مطرح نشده پس بهتر است نمایندگان هم این گونه در ذهن کارکنان دولت شبهه ایجاد نکنند که دولت افزایش حقوق را به درستی انجام نداده است.جدال حقوقی بین دولت و مجلس در حالی ماهها است در جریان است که هنوز توافقی بین دو طرف برای اجرای درست افزایش حقوق وجود ندارد و حتی در برخی دستگاهها حکم حقوقی کارکنان به دلیل وجود ابهامات صادر نشده و بلاتکلیف باقی مانده است؛ آنهم در شرایطی که سه ماه از پرداختهای سال جاری گذشته است!