در حالیکه سازمان غیر دولتی پزشکان بدون مرز برای ساخت بیمارستان صحرایی در اصفهان اعلام آمادگی کرده بود اما مقامهای وزارت بهداشت ایران با وجود موافقت اولیه اما در نهایت حضور این افراد در کشور را منتفی اعلام کردند. علیرضا وهابزاده، مشاور وزیر بهداشت ایران، در صفحه توئیترش نوشت: «ضمن تشکر از پزشکان بدون مرز، با اجرای طرح بسيج ملى مقابله با كرونا و نيز استفاده از تمام ظرفيت درمانی نيروهاى مسلح، فعلا نيازى به برپايى تخت بيمارستانى توسط نيروهاى خارجى نيست و این حضور منتفی است». این تصمیم در حالی گرفته شده است که هیات اعزامی پزشکان بدون مرز وارد ایران شده است.
مسئولان سازمان پزشکان بدون مرز در گفتوگو با رادیو فرانسه گفتند که پیشنهاد کمک به ایران از سوی این سازمان داده شد و مسئولان ایرانی نیز با قبول آن خواستند که تجهیزات در استان اصفهان مستقر شود.
سازمان پزشکان بدون مرز، قرار بود در مرحله نخست یک بیمارستان صحرایی با گنجایش ۵۰ تخت را در کنار مجموعه بیمارستانی امین اصفهان برپا کند و طبق گفته این نهاد غیر دولتی تجهیزات مورد نیاز برای ساختن این بیمارستان به ایران ارسال شد. گرچه بهرام قاسمی، سفیر ایران در پاریس در دو نوبت این موضوع را تایید کرده بود اما ایران با تغییر موضع اعلام کرد که حضور پزشکان بدون مرز در ایران منتفی است! قاسمی در توئیت خود درباره کمکهای پزشکان بدون مرز نوشت: «دومین محموله پزشکان بدون مرز از بوردو امروز راهی تهران شد. علاوه بر دارو و ا قلام مورد نیاز پزشکان وپرستاران، تجهیزات یک بیمارستان صحرایی که با هماهنگی وزارت بهداشت نصب و آماده کمک رسانی به بیماران خواهد شد بخش مهمی از محموله این دو هواپیماست. اولین محموله یکشنبه به تهران رسید.»
آرش نجمی، سخنگوی دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، روز یکشنبه گفته بود که سازمان پزشکان بدون مرز در حال احداث و راهاندازی بیمارستان صحرایی مقابله با کرونا با ظرفیت ۴۸ تخت در بیمارستان امین اصفهان است. این سازمان هم اعلام کرده بود که در حال راهاندازی یک واحد درمانی در اصفهان برای درمان بیماران مبتلا به کووید- ۱۹ است. این واحد درمانی صحرایی ۵۰ تخته با هواپیما از مرکز لجستیک سازمان پزشکان بدون مرز در فرانسه حمل شده و قرار بود در مجتمع بیمارستان امین اصفهان مستقر شود. یک تیم متشکل از ۹ پزشک و متخصص سازمان یاد شده نیز قرار بود که در این بیمارستان مستقر شود. اعزام هیات پزشکان بدون مرز و تجهیزات آنها در دور روز اخیر با اعتراض برخی از اصولگرایان روبرو شد. از جمله حسین شریعتمداری، مدیر روزنامه کیهان، با اشاره به سخنان روز یکشنبه رهبری از حضور این گروه در ایران انتقاد کرد.
او به خبرگزاری فارس گفت: «آمریکا میداند که در ایران جایی ندارد و حضورش ناممکن است ولی آیا فرانسه همواره با توطئههای آمریکا علیه ایران اسلامی همراه نبوده است و آیا مکرون با صراحت اعلام نکرده است که از تمامی طرحهای آمریکا علیه کشورمان حمایت میکند؟» سازمان پزشکان بدون مرز از مهمترین نهادهای بینالمللی است که در بحرانهای جهانی به کشورهای مختلف کمک میکند. این سازمان در سالهای ۱۳۸۰ تا ۱۳۹۰ در استان سیستانوبلوچستان حضور داشت و خدماتی به مهاجران افغانستانی و مردم بومی ارائه میکرد. پزشکان بدون مرز مهرماه ۱۳۹۰ در اطلاعيهای اعلام کرد که مقامهای جمهوری اسلامی ايران از آن خواستهاند که فعاليتهایش را در زاهدان تعطيل کند.