زندگی سیاسی آیتالله بعد از روی کارآمدن دولت خاتمی وارد فاز تازهای شد و موسسه امام خمینی در قم تبدیل به محفلی برای مخالفان دولت اصلاحات و بعد از آن آیتالله هاشمی رفسنجانی شد. حضور پررنگ مصباح یزدی در فضای سیاسی کشور باعث شد تا مردم نیز کم کم با نام رئیس موسسه امام خمینی آشنا شوند و بدانند یکی از قطبهای سیاست ایران در قم ساکن است. مصباح یزدی در تیر سال 84 به یک موفقیت بزرگ دست پیدا کرد و آنهم رسیدن محمود احمدی نژاد به ریاست قوه مجریه و شکست آیتالله هاشمی بود. شاهین سعادت بر دوش آیتالله نشسته بود و همه او را پدر معنوی رئیس جمهور منتخب میدانستند و اعتقاد داشتند دولت نهم، دولت آیتالله مصباح است.
روزهای خوش مصباح و احمدی نژاد ادامه داشت تا اینکه کم کم اسفندیار رحیم مشایی وارد این رابطه عاطفی و سیاسی شد. ظهور مشایی در دولت احمدی نژاد، پایانی بود بر رهبر معنوی « آیتالله قم نشین» در دولت احمدی نژاد و این شوک بزرگی بود که به آیتالله وارد شد. انحراف احمدی نژاد و نزدیک بیش از حد او به مشایی باعث شد که مصباح تغییر موضع بدهد و به انتقاد از رئیس جمهوری بپردازد که روزی او را یاور امام زمان میدانست. این زدوخرد کلامی میان آیتالله و احمدی نژادیها باعث شد تا مصباح یزدی اولین « نه» سیاسی خود را بشنود. «نه» ای که اتفاقا از سوی دوستان خود شنید. احمدی نژاد و جریان نزدیک او به تمام نصیحتها رئیس موسسه امام خمینی « نه» گفتند و اعلام کردند که شخصیت مستقلی دارند و وابسته به هیچ دسته و گروهی نیز نیستند.
آیتالله دلخور از اتافاقات بوجود آمده در دولت احمدی نژاد، تصمیم گرفت که بازهم نامزد مطلوب خود را وارد دولت کند تا تلخی احمدی نژاد به شیرینی سعید جلیلی تبیدل شود. مصباح یزدی تمام قد وارد میدان انتخابات شد تا اجازه ندهد طرفداران هاشمی رفسنجانی و سید محمد خاتمی به ویژه عارف و حسن روحانی وارد نهاد ریاست جمهوری شوند. آیتالله مصباح یزدی در تمام دوران انتخابات نامزد مورد نظر خود را اصلح دانست و اعلام کرد که جلیلی در میان گزینهها تنها گزینه مطلوب برای ریاست جمهوری ایران است.
مردم اما برخلاف آیتالله مصباح یزدی فکر میکردند. آنها در برگههای رای خود نام حسن روحانی، سیاستمدار نزدیک به هاشمی رفسنجانی را نوشتند و تنها 4 میلیون نفر به نامزد مورد نظر آیتالله مصباح یزدی رای دادند. این رای یعنی دومین « نه» به تفکرات آیتالله مصباح یزدی. این « نه» را مصباح اینبار از مردم شنید و جامعه ایرانی در پیامی واضح به رئیس موسسه امام خمینی اعلام کردند که تفکرات و نفرات منتسب به او را قبول ندارند. مصباح بعد از این «نه» بزرگ بازهم عبای نقد را بر تن کرد و تبیدل به منتقد جدی دولت روحانی شد. آیتالله موسسه امام خمینی در هر سخنرانی و به هر بهانه از روحانی و دولت او انتقاد کرد تا نشان دهد از انتخاباب مردم راضی نیست. مصباح یزدی شکست خورده در انتخابات ریاست جمهوری به دنبال کسب یک پیروزی بزرگ در انتخابات مجلس دهم است. او که این روزها از جانب برخی اصولگرایان دعوت به وحدت نیز شده است، تلاش میکند مجلس دیگر به دست طرفرداران دولت و اصلاح طلبان نیفتد.
مصباح یزدی رایزنیهای سیاسی خود را برای مجلس دهم تشکیل داده است و تلاش میکند استراتژیهای خود را در این زمین پیاده کند. آیتالله مصباح یزدی تلاش میکند خود را به عنوان رهبر جریان اصول گرایی معرفی کند و به همین واسطه لیست اصلی اصول گرایان را از نیروهای نزدیک به خود تشکیل دهد.به نظر میرسد آیتالله دوست دارد اکثریت مجلس دهم در اختیار اعضای جبهه پایداری و یا اصول گرایان نزدیک به تفکر پایداری باشد تا از آن طریق بتوانند، جلوی اشتباهات دولت روحانی را بگیرند. رئیس موسسه امام خمینی بر خلاف دیگر علمای قم علاقه فراوانی به جریان سازی سیاسی دارد. مصباح یزدی سعی کرده است تا چهره یک فقیه را از خود دور کند. آیتالله قم نشین دوست دارد چهره متفاوت تری از خود نسبت به فضای عموما علمی حوزه از خود نشان دهد. مصباح یزدی با تاسیس موسسه امام خمینی، به دنبال تاسیس ضلع سومی در مقابل جامعه مدرسین و جامعه روحانیت مبارز است. او میخواهد موسسه امام خمینی به عنوان نهادی تاثیرگذارتر از « جامعتین» در فضای سیاسی کشور باشد.
مصباح یزدی برای انتخابات مجلس دهم یک استراتژی مشخص دارد. تشکیل مجلس مخالف دولت با احتمالاتی چون ریاست سعید جلیلی و نایب رئیسی کامران باقری لنکرانی، دو مرد محبوب آیت الله پایداری ها! مصباح یزدی نه علی لاریجانی را به عنوان رییس قوه مقننه قبول دارد و نه حسن روحانی را به عنوان رئیس قوه مجریه به خاطر همین به دنبال تربیت نیروهایی برای نهادهای اصلی جمهوری اسلامی است. آیتالله مصباح یزدی در حکومت دارای تفکرات خاصی است که، داماد او محمدی عراقی آن را اینگونه روایت میکند:« دیدگاهی که داشت این بود که هر صنف و هر گروه می تواند بهترین و صالح ترین فرد را در صنف خودش مشخص کند. بنابراین انتخابات ما باید بیشتر جنبه تخصصی داشته باشد. مثلاً اساتید دانشگاه و دانشجویان و یا هر صنف دیگری می توانند در صنف خودشان تشخیص دهند که بهترین و صالح ترین فرد کیست. آقای مصباح این را قبول نداشت که کسی بیاید و در مورد فردی نظر بدهد که با تخصص او سازگار نیست. ایشان به تعبیر بنده معتقد به انتخاب پارلمان های صنفی و منطقه ای بودند.آقای مصباح می گفت دولت و پارلمان مرکزی باید از پارلمان های محلی و صنفی تشکیل شود. در واقع ایشان به یک انتخابات دو درجه ای معتقد بود که اول به صورت منطقه ای و صنفی برگزار شود و بعد به صورت مرکزی»
او بر اساس همین اندیشه حکومت خود، بسیاری از نیروهای به ویژه نیروهای نزدیک به آیتالله هاشمی رفسنجانی را لیبرال و نزدیک به تفکر غرب میداند. برای رئیس موسسه امام خمینی یک حزب برتر وجود دارد و آنهم جبهه پایداری است. او اعتقاد دارد هرکسی در فضای سیاسی ایران به ویژه در فضای اصول گرایی دم از وحدت میزند، باید زیر پرچم جبهه پایداری فعالیت کند. آیتالله مصباح یزدی در جلسات خود با اعضای شاخص جبهه پایداری به ویژه نمایندگان این جبهه در مجلس، به این موضوع تاکید کرده است که به دنبال کسب اکثریت مجلس است. آیتالله اعتقاد دارد که سعید جلیلی و باقری لنکرانی بهترین گزینههای ریاست قوه مقننه هستند همانطور که زمانی بر اساس حجت شرعیش، ابتدا باقری لنکرانی و سپس سعید جلیلی را به عنوان نامزد اصلح برای انتخابات ریاست جمهوری معرفی کرد. اما با توجه به نظر مردم و عملکرد دولت روحانی به نظر میرسد مصباح یزدی باید در انتظار شنیدن یک « نه» دیگر از سوی مردم باشد. سومین «نه» به مصباح یزدی و جبهه پایداری میتواند پایانی باشد بر این تفکر در فضای سیاسی ایران.